A mediados del siglo XVI, Nueva España contaba con una población significativa de hijos de conquistadores y de colonizadores que habían llegado en los primeros años posteriores a la conquista. Se consideró necesario ofrecer educación superior a esos jóvenes, para lo cual el 21 de septiembre de 1551 se expidió la Real Cédula que establecía la Real Universidad de México.
Ésta comenzó a funcionar en 1553, de acuerdo con los modelos europeos de universidad que se habían renovado en el siglo XVI. La Real Universidad alcanzó al final del siglo la dignidad de Pontificia, es decir, los estudios que impartía eran reconocidos por la Iglesia.
Su labor se complementó con los colegios mayores que se establecieron posteriormente, sobre todo inspirados en la educación que impartían los jesuítas. Entre ellos se encontraban el de San Ildefonso, el de San Pedro y San Pablo, y el Colegio Mayor de Santa María de Todos los Santos. Para los indígenas nobles existió el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, fundado en 1536, de muy corta existencia.
Con el establecimiento del virreinato de Nueva España fue afianzando el funcionamiento de su gobierno. En la metrópoli se expidió una ordenanza que establecía la instalación de tres casas de moneda en las Indias, una de ellas era la Real Casa de Moneda de México, que el virrey Antonio de Mendoza se encargó de organizar. La labor encomendada a la nueva institución fue fundamental, ya que le correspondía amonedar los metales destinados a ese fin, con lo cual regulaba la producción minera y distribuía el impuesto recogido para la Corona, que consistía en la quinta parte de la producción (el quinto real). El que una sola institución se dedicara a la acuñación de moneda garantizaba un control eficiente de las transacciones económicas, tanto de la metrópoli como de la colonia. Las monedas debían tener un peso convenido, de ahí el nombre de la moneda: el peso.
